Yüksek Hızlı Tren Projesi için kapatılan Gebze Köseköy hattının devamı olan Gebze Pendik arası mevcut demiryolunun Marmaray CR3 sözleşmesi gereği Gebze Pendik arası demiryolunun 17 Aralık 2012 tarihinde kapatılacak olması planlanmasına rağmen iktidarın 2013 yılı içinde Yüksek Hızlı Treni İstanbul’a getirme arzusu nedeniyle öne çekilmiş olup,Gebze Pendik arası banliyö hattının kapanma tarihi 29.04.2012 Pazar günü olarak belirlenmiştir.
Demiryollar Limanlar ve Hava Meydanları İnşaatı Genel Müdürlüğü Marmaray Projesi kapsamında Gebze Haydarpaşa ve Kazlıçeşme Halkalı arası demiryolu hatlarının bölüm bölüm kapanma tarihlerini şu şekilde açıklamıştı. İhaleyi kazanan Obrascon Huarte Lain (OHL) SA- Dimetronic SA Ortak girişimin sözleşmesel olarak işe başlama tarihi olan 3 Kasım 2011’den 411 gün sonra 17 Aralık 2012 Gebze Pendik, 595 gün sonra 19 Haziran 2013 Pendik İbrahimağa, 503 gün sonra 19 Mart 2013 Halkalı Kazlıçeşme arası demiryolu hatları tren trafiğine kapatılarak çalışma yapılması ve iş programına göre de Marmaray projesinin tamamlanarak 18 Haziran 2015’de hizmete açılması planlanmıştı.
Ancak AKP iktidarı seçimler öncesinde İstanbul’a Yüksek Hızlı Tren getirme istek ve arzusunda olduğu için Gebze Pendik arası demiryolunun 17 Aralık 2012 olarak planlanmış olan kapanma tarihini Ulaştırma Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı Altyapı Yatırımları Genel Müdürlüğünün 03.04.2012 tarih 140-99/5154 sayılı yazı emri ile 7,5 ay önceye yani 29.04.2012 tarihine çekmiştir.
