11.08.2011 tarih IV Numaralı Kültür ve tabiat Varlıkları Koruma Müdürlüğünün 4728 sayılı kararı ile Yenileme Alanları Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulunun 03.11.2011 tarih ve 101 sayılı kararına dayanılarak İBB Meclisi tarafından 14.12.2011 tarih ve 2805 sayılı kararı ile onaylanarak 27.01.2012 ila 27.02.2012 tarihleri arasında askıya çıkan Fatih İlçesi 1/5000 Ölçekli Fatih İlçesi Tarihi Yarımada Koruma Amaçlı Nazım İmar Planının TCDD aleyhine olan kısmının Yürütmesinin Durdurulması ve İPTALİ istemiyle TCDD tarafından 27.04.2012 tarihinde İstanbul İdare Mahkemesinde dava açılmıştır.
İBB Meclisi tarafından 14.12.2011 tarih ve 2805 sayılı kararı ile onaylanarak 27.01.2012 ila 27.02.2012 tarihleri arasında askıya çıkan Fatih İlçesi 1/5000 Ölçekli Tarihi Yarımada Koruma Amaçlı Nazım İmar Planına TCDD tarafından
Sirkeci Gar ve civarının TCDD ALANI’ndan farklı imar kararları içermesi, Marmaray işletmeye açıldıktan sonra Cankurtaran, Kumkapı, Kocamustafapaşa, Yedikule istasyonlarında Marmaray hattına bağlantılı yolcu potansiyeli de dikkate alınarak uygun aralıklarla banliyö tren işletmeciliği yapılması düşünülmektedir.
Mevcut Sirkeci gara YHT, Uluslar arası, anahat ve bölgesel trenler ile banliyö trenlerinin gelmesi ve bu trenlerin işletrilebilmesi için yol ve peronların inşa edilebileceği şekilde bir çalışma yapılacağından Sirkeci Garda sonlandırılacak trenler için bakım ünitesi gerektiğinden söz konusu demiryolu güzergahının ve Sirkeci Gar feribot yolunun “demiryolu alanı” olarak planlanması ve korunması
Sirkeci Yedikule arası mevcut çift hat demiryolu istasyon ve duraklarda işletmecilik faaliyetleri için gerekli koridor dışındaki taşınmazların değerlendirilmesi gerekçeleri ile itiraz etmektedir.
TCDD’nin 22.02.2012 tarih 4835 sayılı yazısı ile itiraz edilmiştir. İtiraza İBB tarafından cevap verilmeyerek zımmen reddedilmesi üzerine TCDD İstanbul İdare mahkemesinde söz konusu planın kısmen YD ve İptali istemli dava açmıştır.
